В футбольной академии Гераклион тренируются дети и юноши от 5 до 17 лет. Тренировки проходят на современной спортивной инфраструктуре: полноразмерном футбольном поле, тренажерном зале и крытой арене. В структуре академии работают лицензированные тренеры, специалисты по физической подготовке. Команды академии участвуют в первенстве Москвы и других крупных международных турнирах. Академия имеет собственную базу на Кипре, а также проводит сборы внутри России. Основная команда АФК Гераклион выступает в первенстве Москвы под руководством главного тренера Игоря Гамулы и тренера вратарей Александра Филимонова. Футбольный клуб Гераклион сотрудничает с футбольными агентами, помогая своим воспитанникам стать профессиональными футболистами.